אחת ההשוואות הקלאסיות של ארגון בתורת המערכות המורכבות היא לקן/למושבת נמלים. למרות שהקן איננו אורגניזם - דבר חי, המסוגל להתקיים ולהתרבות בכוחות עצמו, ולבצע חילוף חומרים - הוא מתפקד כאילו היה כזה. הדימוי הזה נכון לכל מערכת מורכבת: הנמלים המרכיבות את הקן (תחשבו על עובדים בארגון גדול...) אינן מודעות ואינן מכירות את הקן כולו, אבל לכל נמלה בקן תפקיד משלה (אאוריקה), והן פועלות כאילו קיים נוהל הפעלה ארגוני המתווה את חלוקת העבודה בקן. 

ארגונים הם מערכות מורכבות, ומערכות מורכבות פועלות על פי מספר תכונות ומאפיינים מוגדרים. לכן ניתן לקבוע, שתורת הארגון האמתית היא בעצם תורת המערכות המורכבות. תורת הניהול יכולה לפתח נושאים שונים על בסיס תורת המערכות המורכבות; אבל, היא אינה יכולה לסתור אותה. מערכת מורכבת אינה פועלת בניגוד למאפייניה!