חטא המרגלים מתכתב בפרשנות הקבלית עם חטא נוסף המוזכר בספר שמות, חטא מסה ומריבה ברפידים. הדרשן הזוהרי משווה בין הביטויים השונים המופיעים בשני חטאים אלה, היש ה' בקרבנו אם אין בחטא של מסה, והאם יש בה עץ או אין בחטא המרגלים. הפרשנות הקבלית של  ג'יקטיליה היא שספירת חכמה מכונה במקרא במילה יש, ואילו ספירת כתר מכונה בטקסט המקראי אין...

בשני החטאים הגדולים של העם - חטא העגל וחטא המרגלים - משה מגלה מנהיגות נבונה וגמישה, וטוען כלפי האל טענה של יחסי ציבור – מה יגידו אומות העולם על האל, אם עמו יושמד...

לחטא העגל הייתה כפרה. לא לחטא המרגלים, שהינו החטא היהודי המובהק ביותר. אין כמוהו כדי להמחיש מהותה של חובת האמונה: ברגע של משבר, אחרי כישלון גדול, איבדו גם צדיקי הדור את אמונתם...