ספר במדבר בכלל ופרשת במדבר בפרט כוללים בתוכם את סיפורי בני ישראל במדבר סיני. חלק מסיפורים אלה הינם סיפורים מכוננים כדוגמת סיפור חטא המרגלים, ודין המקושש עצים בשבת. האם הטקסט המקראי שלפנינו הוא סוגה של ספר המכיל סיפורים שונים? התשובה על כך שלילית היות והטקסט המקראי הינו ספר בעל משמעות תיאולוגית המציג עמדה פולחנית. לכן, הרמב"ם במורה נבוכים טוען כי לסיפורי המקרא, כדוגמת מסעות בני ישראל ומלחמותיהם יש פן פרשני נוסף על הפשט, שיש לו לימוד חשוב בהיבטים אסטרטגיים ותיאולוגיים גם יחד.

פרשות בְּהַר ובחֻקֹתַי עוסקות באחד הנושאים המרכזיים בחיי הכלכלה והמוסר והוא השמיטה על כל השלכותיה. אודות השמיטה ושנת היובל הבאה לאחר מחזור של שבע שמיטות נכתבו פרשנויות רבות, רובן ככולן עוסקות בפן התיאולוגי/מוסרי וגם בפן הכלכלי, כאשר בשנת היובל הקרקעות חוזרות לבעליהן המקורי, ועבדים משוחררים לאלתר לביתם. השמיטה כרעיון תיאולוגי תיאוסופי, מקבל תפנית נועזת בספר התמונה, שנכתב סמוך למאה ה- 13, בידי מחבר אנונימי בקטלוניה.

פרשת אחרי מות, עוסקת בפרק ט"ז בהרחבה בטקס הכפרה שנערך על ידי הכוהן הגדול ביום הכיפורים. הטקס האמור היה מכפר על חטאי בני ישראל, כמו גם על הכוהן הגדול ועל המשכן/מקדש כולו. עבודה ייחודית זו מקבלת תפנית פרשנית מעניינית בספר הזוהר ובספרו של יוסף ג'יקטיליה, שערי אורה. שניהם מייחסים לעבודת הכוהן הגדול ביום הכיפורים פן מיסטי מובהק, שבו הוא מאחד את אילן הספירות האלוהי, מכוח ספירת שכינה, עד ספירת בינה.

בפרשת תזריע מוזכרת מצוות ברית המילה בדרך אגבית. הפירוט המשמעותי אודות ברית המילה מופיע דווקא בספר בראשית. למרות שבימי קדם ברית המילה לא הייתה ייחודית לבני ישראל, הרי שמזמן הבית הראשון, היא הפכה לסמן ישראלי ייחודי, היות שרוב העמים סביב חדלו לבצע את מצוות המילה...

פרשת כי תשא חוזרת ועוסקת בעניין הקטורת הרכבה והקרבתה על מזבח הקטורת. מהי הקטורת? קטורת הינו חומר הנשרף כדי להעלות עשן שמפיץ ריח נעים. משמעות המילה קטר(ת) בשמות השמיות של המזרח הקדום היא עשן. בטעמה של הקטורת ניתנו הסברים רבים במרוצת הדורות. אולם נראה כי הטעם הפשוט והמובן ביותר מצוי בדבריו של הרמב"ם במורה נבוכים, האומר כי  הקטורת באה להשרות ריח נעים במשכן.