מצוות פרה אדומה בפרשת חוקת, אתגרה מאז ומעולם את פרשני המקרא לסוגיהם. ככול שניסו לתת טעם כזה או אחר עבורה, הרי מהותה נשארה עלומה. המקובלים פתחו תקופה חדשה בפרשנות המצוות כולם, בהסבירם שכל מצווה יש לה רפלקציה או קשר לעולם הספירות האלוהי. אשר על כן, אין צורך לחפש טעמים כאלה ואחרים למצוות כדוגמת פרה אדומה, היות שפרה אדומה בפרשנות הקבלית של הזוהר למשל, קשורה לספירת מלכות ולמידת הדין הרך הקיימת בה.
במזרח הקדום, במסופוטמיה, איש טמא מת מיטהר על ידי החלפת בגדיו או כיבוסם במים, רחיצה במים טהורים, כולל מריחה של חומרי חיטוי כנגד הטומאה. ביוון העתיקה האמינו כי במקום מותו של אדם, מתקבצים כוחות מזיקים, ולכן יש לגרשם על ידי חיטוי וטיהור. לשון אחר – בעת העתיקה ואף הרבה אחריה, היה קיים פחד מטומאת מת, שהיא יכולה להזיק או לפגוע בצורה קטלנית באוכלוסייה שנחשפה...
מצוות פרה אדומה, שהעמידה קושי פרשני שטרם בא על מכונו, הביאה אותנו לדיון אודות טעמי המצוות לדעתו של הרמב"ם. למרות שאין הוא נותן טעם ייחודי במצוות פרה אדומה, הרי שניתן לומר לפי קווי המחשבה שהובאו לעיל, שכול מצווה שטעמה נעלם מעינינו - או שהרמב"ם עצמו לא פירשה - הרי תכליתה להרחיק את האמונה האלילית מעם ישראל.
