הרצל שפיר הוא אלוף צהל בדימוס והמפכל ה-7 של משטרת ישראל.
עם תום כהונתו של המפכל תבורי, החליט השר בורג על צעד נוסף ברפורמות: כדי לרענן את פיקוד המשטרה ולחדשו, מינה אלוף בצהל, בעל שם במינהל ובארגון ובעל קרדיט ציבורי רב - הרצל שפיר, כמפכל.
טרם מינויו של שפיר כמפכל, הייתה תקופה של שפל בדימוי המשטרה, לאחר פרסום מסקנות ועדת שימרון לנושא הפשע המאורגן. הצבתו של אלוף עטור תהילה, שהיה מועמד לרמטכ"ל, בראש הארגון, נזקפה לזכות השר בורג, ונתפסה כתרגיל מבריק. בורג צוטט במילים האלה: זה האיש שיביא ניסיון עתיר מהצבא וכישורים אחרים, שהם הערובה לקידום משטרת-ישראל ולהצלחתה (לשם, 1982).
עד מהרה הסתבר, כי המפכ"ל המיועד לא התנהג בהתאם לציפיות שתלו בו אנשי המשרד. הרקע הצבאי שלו, בנוסף לאופיו המיוחד, הביאו את הקונפליקט שר-מפכ"ל לשיא, שטרם ידעה המשטרה כמוהו.
קרתי (1994) מציין, כי תפיסתו של שפיר הייתה, כי "השר הוא רק גורם מתווך או גורם מפריע, שלא צריך להתחשב בו כל כך. לכל היותר מדווחים אחרי המעשה". אם כך לגבי השר, קל וחומר כאשר נדרש שפיר לקבל הנחיות מפקיד זוטר לו במעמדו (מרקוביץ') ולא מהשר. על כן, סירב לקבל מרות, וכך נוצר כדור השלג, שהוביל להפסקת כהונתו". על-פי לשם (1982) התבטא שפיר, כי "כל אגף המשטרה הינו מיותר". לעומתו, צוטט בורג על-ידי לשם באומרו "שפיר נעדר כל רגישות ציבורית והתייחסות לנהלים דמוקרטיים".
שלב חשוב בעימות המתהווה בין משרד המשטרה למפכ"ל היה עת הורה המפכ"ל למינהל התכנון במשטרה, לקבוע נוהל יחסים מדויק בין המטה הארצי למשרד הפנים. שפיר ניסה לפתור את בעיית העמימות בסמכויות משרד הפנים, על-ידי עיגון סמכויות המטה הארצי ומשרד הפנים בנהלים ברורים. הדבר עורר התנגדות עזה אצל שר הפנים ועוזריו, אשר הזעיקו בתגובה את האלוף במילואים רחבעם זאבי, כדי לגבש הצעה משלו בעניין זה (לשם, 1988; 1982).
שיאו של הקונפליקט שפיר-בורג, אליבא דשפיר, הייתה מעורבות השר בפרשה שכונתה "אפרסק". הפרשה נגעה במעורבות משרד הפנים בהעברת כספים, דרך המועצות, למוסדות דת. המשטרה הייתה צריכה למצוא דרך, כיצד לחקור בפרשייה, שהאישיות המרכזית שבה הוא האיש הממונה עליה. בראשית נובמבר 1980 החליט המפכ"ל שלא לחקור בתיק, ולהסתפק בינתיים באיסוף מודיעיני. התיק זכה לשם הקוד "תיק אפרסק", והונח בכספת שבחדרו.
לשם (1988) מציין, כי בראשית דצמבר 1980, התקיימה פגישה אצל השר בורג, על רקע הסתננות הידיעה על קיום התיק לטלוויזיה. בורג זימן את המפכ"ל לישיבה בהולה, שבה נוכחו מנכ"ל משרד הפנים, חיים קוברסקי וראש אגף המשטרה במשרד הפנים, יעקב מרקוביץ. בורג הבהיר את רצונו לדעת מהו החומר המצוי בתיק. על רקע דרישה זו כינס שפיר במשרדו, ב- 3 בדצמבר, פגישה בנוכחות קרתי, זיגל וראש הלשכה יגאל ברנע.
לשם (1988) טוען, כי גם קרתי וגם זיגל היו חד משמעיים בעמדתם. זיגל, על-פי לשם, אף התבטא: "הוא רוצה לדעת כדי לטשטש עקבות". סיכום הישיבה היה שלא לחשוף בפני אנשי משרד הפנים את התיק הקיים, אלא תיק חדש, שאין בו ידיעות הנוגעות לאנשיו של בורג. התיק החדש הובא לשר, אשר דרש לדעת את שמות המקורות. שפיר סירב, ובתגובה הורה השר להפסיק לחקור כל חומר בנוגע לפוליטיקאים, עד אחרי הבחירות לכנסת. זאת "מאחר שאנו בתחילת שנת בחירות ואיני מעוניין שהמשטרה תהיה כלי שרת בידי פוליטיקאים" (לשם, 1988).
שפיר טען, כי "לקראת הפגישה עם שר הפנים, בשלושה בדצמבר, אספתי את החוקרים הקשורים בתיק "אפרסק". זאת כדי להבין ממקור ראשון את מהות החומר שיש בידי המשטרה. הכנתי לעצמי דף ועליו תרשומות שונות. את הדף הזה מסרתי מאוחר יותר לחיים לסקוב. כאיש משטרה לא אמרתי לשר מה הם הנושאים שבתוך התיק. רק ציינתי בפניו, כי אכן מדובר במשרד הפנים. הוא ביקש לראות את החומר. נדהמתי. אמרתי לו: 'אדוני השר, זהו אקט לא דמוקרטי'. כעבור שבוע נוסף, ביקש ממני שר הפנים לא לפתוח בחקירה, מאחר שהחומר מכיל חשדות גם נגד אישים ומפלגות אחרות, אז מוטב, לדבריו, שלא לפתוח בחקירה. 'זה רגיש' טען. השר חזר וביקש לראות את החומר. הפעם את כולו. הוא הדגיש בפני, כי היינו השר הממונה עלי וזוהי זכותו. אמרתי: 'הרי אתה לא מעלה בדעתך שאעשה כדבר הזה'. הייתי בהלם. כאשר עזבתי את משרדו, הייתי מוכרח להתחלק עם החוויה הקשה הזאת עם איש נוסף. בחרתי בחיים לסקוב" (ולטר ומאירי, 1981).
לסקוב עצמו אישר את הדברים ויצא להגנת שפיר לאחר הדחתו (נאור, 1988). הוא התראיין בטלוויזיה, ואמר, כי הוא מכיר את שפיר עשרות שנים ודבריו, דברי אמת בלבד. "על התנהגותו של בורג אמר דברים קשים: "כיצד אפשר לתת לשוטר מס' אחד של מדינת ישראל הוראה לא לחקור במשהו? והרי הוא לא החל לחקור אלא רק לאסוף את החומר". לסקוב גם האשים, כי בעניינו של שפיר, "היו מטעם בורג (הוא לא הזכיר את השם במפורש) דיס-אינפורמציה ורצח אופי". משום כך, בעיקר, הגיע למסקנה שאסור לו לשתוק.
בעקבות מספר פרשיות עוקבות, שבהן נשחקו אמינות המפכ"ל ויחסי העבודה שלו עם השר, זימן בורג, בבוקר ה- 31 בדצמבר 1980 את שפיר לכנסת והודיע לו על "אי הארכת שירותו מעבר לשנת הניסיון". בדיון בכנסת על-פיטורי שפיר, ב- 7.1.81, דרשו נואמי האופוזיציה (שתקפו את הפיטורין), לקבוע מחדש את מערכת הסמכויות, "על מנת למנוע חיכוכים לעתיד לבוא, הגורמים נזק חמור לעבודה השוטפת של המשטרה" (ביצור, 1981). בין היתר, הועלה בדיון גם הצורך שמינוי המפכ"ל יעשה להבא על ידי הממשלה כולה, כדי לחזק את מעמדו, וכי במקרים של רצון מצד השר להדיח את המפכ"ל, יובא הדבר לדיון בממשלה (ביצור, 1981).
בורג הצהיר מפורשות, בדיון שהתקיים בכנסת, כי סיבת ההדחה הנה חוסר אמון במפכ"ל, וכי "שום ועדה (שאליה היה צריך כביכול להביא את עניין הפיטורין) אינה יכולה לחייב שר לעבוד עם אדם שאין לו אמון כלפיו". הוא הכחיש, שסיבת ההדחה הייתה "פרשת אפרסק". לטענתו הרצל שפיר כלל לא אמר לו שיש לחקור את הפרשה, וממילא לא הורה על כל הפסקת חקירה" (ביצור, 1981). קרתי (1994) מציין, כי סביר להניח שהלחץ עליו מצד האנשים שסבבו אותו, היה גורם מכריע בדחיפה של בורג להכריע על ההדחה. "אין ספק שהוא היה בלחץ קשה מצד אנשי המפלגה ואנשי המשרדים של המפד"ל, בגלל החקירות. הסיפורים סביב פרשת "אפרסק" (קרתי, 1994). לא כולם יודעים מה זה. בדרך-כלל לא ידעו. התהלכו סיפורים וזה התנפח לממד עצום כזה, שהם חשבו שפה המפלגה הולכת לעוף לשמים. אז הם היו בלחצים גדולים. שלא לדבר על לחצים אישיים של אותם אנשים שנפגעו מהתנהגותו. עובדי המשרד שנפגעו מהתנהגותו. ככה, קוברסקי, מרקוביץ'... כל האנשים שהקיפו אותו. אז מאוד יתכן שהם לחצו עליו. מפני שהוא לא בקלות היה מגיע למסקנה כזו. זה היה דבר אחרון שאפשר לצפות מאישיות כמו בורג, מאדם כמו בורג לעשות את זה. הוא עשה את זה כנראה מפני שהוא לא יכול היה לעמוד בלחצים, או שגם קצה נפשו במצב הזה".
שפיר העלה את שאלת הגיבוי המיניסטריאלי הניתן למפכ"ל כבעיה המרכזית ביחסי שר-מפכ"ל. חוסר גיבוי מיניסטריאלי הניתן למפכ"ל, נוכח מציאות של הפרעות ולחצים פוליטיים בעבודה השוטפת, עלול להכשיל כל חקירה. "זו בעיה של שותפות באחריות ובסמכות". שר אינו רשאי, לדעת שפיר, להנחות מפכ"ל במה לטפל ובמה לא לטפל" (ביצור, 1981). תפקידו העיקרי הוא מתן גיבוי (קוברסקי, 1994).
שפיר דיבר על אופן העבודה עם השר ועם אנשיו: "השר ועוזריו פעלו במדיניות של "ישיבה על הגדר", תוך הימנעות ממעורבות בעבודה היום-יומית האפורה, ומאידך גיסא הותירו אותו [המפכ"ל] במיעוט כאשר התכנסו לישיבות, שבהן נפלו הכרעות של מדיניות גבוהה, למרות שגילו חוסר ידע בסיסי בבעיות השוטפות של המשטרה". לטענתו "אי אפשר לקחת ממישהו את ההחלטה ולהשאיר בידיו את האחריות. אני לא צריך משרד שעומד מן הצד כמו שופט קו: כאשר מוצא חן בעניו הוא פוסק - שער, וכשלא מוצא חן בעיניו הוא פוסק נבדל" (מאירי וזינגר, 1981). על-פי שפיר, "באותם נושאים, שבהם הייתה צריכה להיקבע המדיניות, היא לא נקבעה במשרד הפנים. דווקא בנושאים אלה.... בחר משרד הפנים להתחמק מאחריות"... "גם המגעים עם משרד הפנים הצטמצמו בדברים שוליים. הייתי מקבל טלפונים בנוסח "למה שמו אותו בתא אחד עם פושע? למה לקחו ממנו את ספר התנ"ך? - דברים שכלל איני פוסל אותם, אולם לצמצם את כל המגעים היום-יומיים רק לעניינים כאלה?" (מאירי וזינגר 1981).
מאירי וזינגר (1981) מביאים מפי שפיר מספר דוגמאות לאי נטילת האחריות של משרד הפנים. הדוגמא הראשונה היא חטיפת הילד אורון ירדן: "בכל החטיפה הזאת, שארכה ימים על ימים, איפה היה השר? איפה היה המנכ"ל? איפה היה אגף המשטרה? מישהו מהם ביקר בשדה הקרב של המשטרה? מישהו הלך לראות איך עובדים? מישהו בא ואמר: הנה אני אתך - נותן כתף? לא. אבל כשהזמזמים עמדו על סכנה של אדום, הצהיר השר בארה"ב, שהוא חושב שצריך להקים ועדת חקירה ציבורית. הוא שאל אותי? דיבר איתי?". שפיר הביא כהשוואה את מערכת היחסים בין הרמטכ"ל לשר הביטחון. "ולשם השוואה, אירוע דומה שהיה לצה"ל במשגב-עם: השר (שר הביטחון) היה שם... היה צורך בחקירה. הרמטכ"ל מינה חוקר ובדקו. זה גיבוי מיניסטריאלי. לשבת על הגדר זה לא נחשב גיבוי מיניסטריאלי. גיבוי מיניסטריאלי צריך להיות אמיתי: להבין את הבעיה ולתת לזה את הגיבוי".
ספיח לפיטורי שפיר הייתה הפעלת "סנקציית השימוש באי אישורם של מינויים" על ידי השר בורג, כלפי קצינים שהיו מעורבים בעימותים עם המשרד. הדוגמא הבולטת הייתה סירובו של בורג, לאחר פיטורי שפיר, לחתום על מינויו של מפקד מרחב איילון המיועד - וינשטיין, על רקע מעורבותו בחקירות הנוגעות למשרדי הפנים והדתות (לשם 1988). אולם, בעקבות "התפוצצות" פרשת "תיק אפרסק" ופיטורי שפיר, הפחית משרד הפנים את מעורבותו, ומחליפו של שפיר, איבצן, ניהל, למעשה, את המשטרה, באין מפריע.